抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)前，中華民國(guó)從清朝底下繼承多幾所海軍訓(xùn)練學(xué)校，但是因軍閥割據(jù)的因素彼此各擁戰(zhàn)艦各自為政，到南京政府統(tǒng)一時(shí)派系與省籍問(wèn)題互相內(nèi)斗的現(xiàn)象極為嚴(yán)重；不過(guò)抗戰(zhàn)的爆發(fā)某種程度上成為國(guó)民政府整肅契機(jī)，過(guò)去所有派系因主戰(zhàn)艦被日軍消滅，沿海領(lǐng)土喪失，因此海軍通通搬遷到四川，海軍訓(xùn)練單位也只剩下由閩系把持的福州馬尾海軍學(xué)校。

　　同時(shí)，因租借法案的緣故國(guó)民政府在二戰(zhàn)時(shí)便已得到美國(guó)首肯軍援船艦，這些武裝與接艦的人事裁定權(quán)成為重建中央重建海軍的重要籌碼，為此國(guó)民政府軍委會(huì)以創(chuàng)設(shè)海軍總司令部的方式直接規(guī)避過(guò)去閩系把持的海軍部，并打算創(chuàng)立一所不屬于任何省籍的海軍訓(xùn)練學(xué)校。

　　1945年抗戰(zhàn)勝利，同年冬季國(guó)民政府在青島創(chuàng)設(shè)中央海軍訓(xùn)練團(tuán)，1946年2月25日，國(guó)民政府派楊元忠上校至上海高昌廟接收汪精衛(wèi)政權(quán)建立的海軍軍官學(xué)校，同時(shí)招收屆39年班的海軍官校學(xué)生。蔣介石同時(shí)下令，將位于重慶的福州馬尾海軍學(xué)校并入海軍官校。1947年，中央海軍訓(xùn)練團(tuán)并入海軍官校。

　　1949年4月，因國(guó)共內(nèi)戰(zhàn)失敗，政府決定將海軍官校自上海南遷至廈門(mén)。9月，再度南遷至臺(tái)灣左營(yíng)。